Trường THCS An Phú tọa lạc tại đường Tỉnh lộ 15 ấp Phú Bình xã An Phú; một xã vùng sâu, vùng xa nằm ở phía Bắc của huyện Củ Chi. Trong hai cuộc kháng chiến chống thực dân Pháp và đế quốc Mỹ, nơi đây là căn cứ địa cách mạng vững chắc. Với những thành tích nổi bật trong chiến tranh, Đảng bộ và nhân dân xã An Phú vinh dự được Đảng và Nhà nước phong tặng danh hiệu “Anh Hùng Lực Lượng Vũ Trang Nhân Dân”.
Hơn 20 năm sau ngày Miền Nam được giải phóng, thống nhất đất nước. Lúc bấy giờ, xã An Phú vẫn là một xã rất khó khăn, rất nhiều hộ nghèo, cơ sở hạ tầng thiếu thốn, lại chưa có trường THCS. Hầu hết con em trên địa bàn phải đi học tiếp cấp 2 tại xã lân cận là Phú Mỹ Hưng và An Nhơn Tây. Trước thực trạng đó thì UBND huyện Củ Chi đã ra quyết định xây dựng mới trường THCS An Phú tại địa bàn xã An Phú (được tách ra từ trường PTCS Phú Mỹ Hưng theo Quyết định số 352/QĐ-UB ngày 30/08/1995 của UBND huyện Củ Chi) để đáp ứng nhu cầu học tập của con em trên địa bàn xã An Phú. Mặc dù trường được xây mới nhưng chủ yếu là phòng học, thiếu hầu hết phòng chức năng.
Năm 2013, được sự quan tâm đặc biệt của các cấp lãnh đạo, trường THCS An Phú được phê duyệt dự án xây mới đạt chuẩn quốc gia về cơ sở vật chất. Với khuôn viên rộng hơn 10.186m2 ; 24 phòng học, đủ các phòng chức năng. Cảnh quan môi trường cũng đã được đầu tư đúng mức tạo nên môi trường xanh – sạch – đẹp và an toàn.
Tuy trường được thành lập không lâu, nhưng nơi đây đã đào tạo ra hàng vạn công dân có ích cho nhân dân huyện Củ Chi nói riêng và Thành phố Hồ Chí Minh nói chung. Nhiều năm liền trường đạt danh hiệu tiên tiến cấp huyện. Hàng năm trường đều có học sinh giỏi cấp huyện và cấp thành phố.
Trong suốt hơn 20 năm qua, trường đã có nhiều sự thay đổi và trải qua nhiều khó khăn thách thức. Nhưng trong bất cứ hoàn cảnh nào, bằng sự nỗ lực và tinh thần đoàn kết, các thế hệ thầy và trò của trường vẫn khắc phục khó khăn, vượt qua thách thức, không ngừng vươn lên để thi đua “dạy tốt – học tốt”. Truyền thống đó, các thế hệ thầy và trò hôm nay và cả mai sau mãi mãi khắc ghi và trân trọng, tự hào và học tập sao cho xứng đáng với truyền thống xã anh hùng.